采用Illumina高通量测序法、随机森林模型分析等对样品中的细菌类群群落组成进行分析。在六个样品中，细菌隶属42个门、100 个纲、249个目、357个科、542个属、998 个种，优势类群为变形菌门（60.22%）、绿弯菌门（7.44%）、放线菌门（6.87%）和酸杆菌门（5.39%），优势亚群为γ-变形菌纲（47.82%）、α-变形菌纲（22.57%）和酸微菌纲（5.86%）。不同站位的细菌群落Shannon、Richness和 Chao1指数均为LP组分最高，Shannon、Simpson和Richness指数均为DS组分最低。通过距离冗余分析方法分析发现底层硝酸盐和底层温度对细菌群落结构的影响最大。通过随机森林模型分析发现海洋芽孢杆菌、威尼斯不动杆、阿氏芽孢杆菌、油田水海杆菌、噬甲基硝化还原菌、新疆假单胞菌、硒酸芽孢杆菌、嗜碱盐单胞菌、球孢囊菌、马来西亚吉奥塔利巴希菌是最重要的10种细菌，对环境变化有一定的敏感度，在一定程度上可用于评估南海深海的环境变化。Spearman 相关性分析表明，马来西亚吉奥塔利巴希菌与底层磷酸盐呈显著负相关关系，与底层盐度、底层溶解氧和底层硝酸盐呈显著正相关系（P＜0.05）。本研究可为揭示南海深海细菌群落提供理论参考，并为南海深海生态环境监测与资源利用提供科学依据。

南海;深海;群落结构;高通量测序法;细菌