软体动物贝壳化石研究历史悠久，其不仅可提供地质年代信息也可反映古环境中的生物多样性。近年随着古DNA和壳DNA技术的发展，多项研究结果证明了软体动物贝壳可长期保存古代生物多样性和物种进化信息，但这种可能性尚未在深海软体动物贝壳进行验证，尤其是处于极端化能合成环境下的软体动物贝壳。南沙伴溢蛤（Archivesica nanshaensis）是一种只在南海2626米水深的海底发现过空壳的深海冷泉白瓜贝。在该研究中，我们从中国南海东北部3003米深海采集到三对1500年前的南沙伴溢蛤贝壳，提取了壳DNA进行Illumina高通量测序，最终组装了该物种的线粒体与核基因片段。研究结果显示，南沙伴溢蛤与同样分布于南海的囊螂科姐妹种Archivesica marissinica有明显的遗传差异，其线粒体细胞色素c氧化酶亚基I基因（COI）序列的K2P遗传距离达到3.4%，经化石时间校正的物种分歧时间估算结果表明二者至少在850万年前于中新世已产生分化。该研究揭示了基于高通量测序的壳DNA技术在深海软体动物进化研究中的潜在应用价值。

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