岛屿是史前农业跨大洲和跨海传播过程中重要的中转站，其植物考古学的研究对深入理解史前农业传播和人群迁徙具有重要意义。近年来，东南亚岛屿发现多个遗址的稻作遗存证据，福建作为原始农业由东亚大陆向台湾和东南亚岛屿地区传播的重要节点，研究其沿海岛屿农业发展及其与台湾联系十分重要，然而当前缺少详细的植物考古学工作且尚无农业遗存证据发现。本研究在位于海坛岛壳丘头遗址群附近的长江澳海湾区域开展地质钻探过程中，发现地表以下3~4 m之间广泛发育的古泥炭层，AMS ¹⁴C年代结果显示其形成的时间在3249~ 3060 cal. a B.P.。泥炭层植硅体和孢粉分析结果显示局地的植被以湿生的香蒲、莎草和芦苇为主要类型，指示了湿地或沼泽环境。少量驯化型水稻植硅体和谷物类花粉的发现则说明3000年前海坛岛已经出现一定规模的水稻种植。采样点靠近壳丘头遗址群，推测古泥炭层中的水稻遗存极有可能与史前人类农业活动有关。这是东南沿海岛屿除台湾本岛和澎湖地区目前发现的最早的水稻遗存记录。研究结果为进一步开展岛屿遗址植物考古学工作提供新的线索，或将打开东南沿海岛屿史前农业起源与传播研究的新窗口。