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连接酶介导的mRNA上N1-methyladenosine修饰的定量、定位分析

N1-methyladenosine、RNA修饰、连接、单碱基分辨率、肺癌

N1-methyladenosine（m1A）最早是在50年前被发现的，[1] 最近有研究表明m1A 是mRNA上可逆和动态的修饰。 基于m1A诱导的错配和逆转录停止的测序方法被广泛用于m1A的转录组测序，[2,3] 但这些方法成本高昂，并且需要复杂的生物信息学分析。本文中，我们提出了一种通过连接酶介导的实验方法，用于m1A在mRNA中特定位点的定量和单碱基分辨率检测。 该方法利用m1A中的甲基会破坏Watson-Crick碱基配，因此降低了连接酶的连接效率，连接效率的降低将导致连接产物的减少，从而使随后的实时荧光定量PCR检测和m1A位点修饰分数的评估成为可能。我们将该方法成功地用于测定HEK293T细胞和肺癌组织中的m1A修饰分数。