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我国手足口病EV71病毒的流行特征与时空进化分析

EV71;进化分析；贝叶斯进化分析；谱系地理学分析

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【摘要】 目的: 通过分析手足口病EV71病毒的基因信息和流行病学资料，阐述其流行特征、传播路径和进化规律。方法：从NCBI的GenBank中搜集所有在中国地区出现的全基因组EV71病毒序列（共330株）。使用Mafft进行序列比对分析，RDP4进行重组检测，MEGA7.0构建最大似然比（ML）进化树，ITOL美化进化树，Jmodeltest2.0寻找最优核苷酸替换模型，使用BEAST1.10软件包进行贝叶斯系统进化分析，以及贝叶斯谱系地理学分析，重塑EV71病毒传播路径。以推断EV71在时间和空间上的系统发育关系。结论: 中国地区流行的EV71病毒主要是C4亚型（分C4b和C4a），其中C4a是引起2008年全国手足口病大暴发的病毒株，根据贝叶斯系统进化分析显示C4亚型TMRCA（共同祖先）起源于1991年3月（95%CI:1985年7月，1995年8月）。核苷酸替换速率是平均每年每个位点发生3.78×10-3 (95% HPD: 3.36×10-3-4.2×10-3)，此外，动力学分析发现C4亚型在做净化选择，说明C4亚型种群明显在扩增。谱系地理学重塑了EV71传播路径。